Výsledky jsou automaticky ukládány do souboru v podsložce Temp
složky programu se stejným názvem jako má soubor měření a příponou
'.sen
' (resp. souboru output.sen
v případě generování všech možností nebo zkoumaná hmota v případě hledání alternativ).
Pokud takový soubor již existuje, je přepsán bez ohlášení. Doporučuje se tedy požadované výsledky následně ukládat jinam a zároveň nenechávat ve složce
žádné důležité soubory s příponou '.sen
'. Toto automatické ukládání je vhodné brát pouze jako zálohu pro případ, že by byl program
nedopatřením ukončen. Zároveň je v případě potřeby nutné tuto složku promazávat manuálně.
V horní části se zobrazuje panel s nastavením výpočtu a případně nastavenými filtry. Pro každý soubor měření a jeho formát se zobrazuje jeden panel s výsledky. V případě hledání alternativ má vlastní panel každá hmota, pokud jich není více než nastavený limit.
Řádky lze mazat nebo filtrovat. Filtrování je pouze dočasné a zvolené filtry se aplikují na všechny panely. Oproti tomu smazání je trvalé a příslušné hmoty nejsou uvažovány ani při hledání alternativ jako kontrolní rozdíl (vhodné např. když má formát měření takovou strukturu, že nějaký řádek hlavičky vyhovuje struktuře řádku s měřením).
Pro vybrané řádky lze pomocí kontextového menu spustit hledání alternativ. Při hledání alternativ je použito nastavení aktuálního experimentu s tím rozdílem, že před specifické štěpení je přidána vrstva nespecifického štěpení, která není zohledňována při kontrole počtu miss-cleavages. Navíc, pokud byly aktuální výsledky získány pomocí generování všech možností, je nutné ještě zadat interval přesnosti, s jakou tolerancí jsou hmoty ještě považovány za totožné.
V případě hledání alternativ obsahuje pole 'Other
' originální záznamy, pro které jsou hledány alternativy (jinak obsahuje informace, které
jsou v souboru měření u příslušné hmoty a které nejsou využity v jiných polích).
Pokud byly aktuální výsledky vygenerovány pomocí generování všech možností, je jejich hmota ve výsledcích hledání alternativ označována jako hmota
experimentální.
Je-li hledána alternativa pro záznamy sloučené podle hmoty, lze pak hity rozdělit. Jsou-li sloučené podle modifikace/ můstku, rozdělit je nelze.
Je-li hledána alternativa pro sloučeninu, nejsou jako alternativa pro žádnou z nich zobrazeny zbylá přiřazení;
pokud jsou nálezy rozděleny, je každý protějšek zobrazen jako alternativa.
Je-li slučování zadáno pomocí kontextového menu, aplikuje se pouze na vybrané řádky. Je-li zadáno pomocí tlačítka v dolní části okna, aplikuje se na všechny řádky každého panelu. Při slučování se zachovává pořadí řádků.
Sloučeny jsou výsledky, které se liší pouze v poli modifikace (resp. můstky). Jednotlivé sloučené modfikace (resp. můstky) jsou odděleny pomocí znaku '|'. Vznikl-li řádek pomocí sloučení modifikací/ můstků a následně sloučením podle hmoty, nelze ho rozdělit podle modifikací/ můstků, nebude-li nejdříve rozdělen podle hmoty.
Při slučování podle hmoty jsou jsou sloučeny řádky, které mají (s ohledem na nastavenou přesnost zobrazení) stejnou experimentální hmotnost v případě
filtrování výsledků podle souboru měření, resp. stejnou teoretickou hmotnost v případě generování všech možností. Obsahy jednotlivých buněk jsou nejprve
vloženy do složených závorek '{}
' a teprve poté odděleny separátorem '|
'. Pokud je obsah příslušného sloupce ve všech
sloučených řádcích stejný, je zobrazen pouze jednou.
Vznikl-li řádek pomocí sloučení modifikací/ můstků a následně sloučením podle hmoty, nelze ho rozdělit podle modifikací/ můstků, nebude-li nejdříve
rozdělen podle hmoty.
Kořenový uzel je OR
uzel. (Nebo chcete raději AND
uzel? Chcete to tam explicitně připsat do závorky?)
Kromě filtru 'Not assigned
' se pro ostatní filtry zobrazí defaultně pouze přiřazené záznamy.
Některé filtry nemají vždy smysl (např. '(Not) Assigned
' v případě generování všech možností), ale z praktických důvodů (zachovávání
nastavení filtrů pro použití v pozdějších experimentech) nejsou přímo zakázány.
(Not) Assigned
': Zobrazí řádky obsahující (ne)přiřazený záznam.Modified/X-linked
': Alespoň jeden ze sloučených záznamů je modifikovaný, resp. x-linkovaný.Not modified/x-linked
': Alespoň jeden ze sloučených záznamů není modifikovaný, resp. x-linkovaný.Modified/X-linked by {change}
': Alespoň jeden ze sloučených záznamů je modifikovaný, resp. x-linkovaný pomocí {change}
.Not modified/x-linked by {change}
': Alespoň jeden ze sloučených záznamů není modifikovaný, resp. x-linkovaný pomocí {change}
.Interpeptide
': Alespoň jeden ze sloučených záznamů je dipeptidem.Interpeptide {x-link}
': Alespoň jeden ze sloučených záznamů je dipeptid spojený pomocí {x-link}.Intrapeptide
': Alespoň jeden ze sloučených záznamů je monopeptid.Intrapeptide {x-link}
': Alespoň jeden ze sloučených záznamů obsahuje {x-link} v rámci jednoho peptidu.Ambiguous
': Řádky, které vznikly sloučením více různých peptidů podle hmoty (t.j. nezohledňuje více záznamů v souboru měření se
stejnou hmotou). Tento filtr funguje pouze po sloučení nálezů podle hmoty (t.j. není schopen porovnávat mezi řádky).Not ambiguous
': Jednoznačně přiřazené řádky (Not Ambiguous
). Tento filtr funguje pouze po sloučení nálezů podle hmoty
(t.j. není schopen porovnávat mezi řádky).(Not) Contains
': Přípustné řádky jsou definovány za pomocí regulárních výrazů
(Documentation,
Lessons).
'Contains
' zobrazí řádky, kde alespoň jeden ze sloučených záznamů odpovídá příslušnému vzoru.
Oproti tomu 'Not contains
' zobrazí řádky, kde žádný ze sloučených záznamů příslušnému vzoru neodpovídá.Arithmetic
': Hodnota alespoň jednoho ze sloučených záznamů zvoleného sloupce odpovídá zvolené nerovnosti.Většina filtrů je implementována pomocí filtru CONTAINS:
Filter | Sloupec | Výraz | Výsvětlení |
---|---|---|---|
Modified | Modifications | [^| ] |
Obsahuje něco jiného než prázdné pole a oddělovač polí. |
Modified by {mod} | Modifications | (^|\| |, |; ){mod} \( |
Ukotvení zleva na oddělovači; název modifikace; ukotvení zprava na pozici. Ukotvení nutné pokud název jedné modifikace může být podřetězcem druhé (bat vs. wombat). |
Not modified | Modifications | (^|\| )( ?\||$) |
Začátek pole - konec pole. (^$ nestačí pro případ, že by modifikace měla nulovou hmotnost a tedy bylo možné ji sloučit
s nemodifikovaným hitem.) |
Not modified by {mod} | Mod | (^|\| )(?!([^(]*\([^)]*\)[,;] )*{mod} \() |
Ukotvení pole zleva - pokud pole obsahuje hledanou modifikaci (posloupnost jakýchkoliv jiných modifkací = {víme, že název pole neobsahuje závorku (}({zadání pozice modifikace neobsahuje závorku )}){oddělovač modifikací} nasledovaná hledanou modifikací s ukotvením konce názvu), tak hledat dál. |
Interpeptide | Chain | - |
Pole obsahuje pomlčku právě tehdy, když se skládá z více peptidů. |
Interpeptide {x-link} | X-links | (^|\\| |, |; ){x-link} \\(([A-Z]+\\.)[^;]+; (?!\\2) |
Ukotvení zleva na oddělovači; název můstku; ( ; index peptidu; pozice; oddělovač; odlišný index peptidu. |
Intrapeptide | Chain | ^[^-]*$ |
Ukotvení pole zleva; pole neobsahuje oddělovač peptidů; ukotvení pole zprava. |
Intrapeptide {x-link} | X-links | (^|\\| |, |; ){x-link} \\(([A-Z]+\\.|)[^;.]+; \\2 |
Ukotvení začátku můstku; {x-link}; ( ; index proteinu, je-li; pozice; oddělovač; stejný index proteinu. |