modifications.prs
(editace z programu přes menu Databases → Modifications
, resp.
Ctrl+M
). Modifikace je definována pomocí:
Pole Modification
v přehledu vložených modifikacích zobrazuje modifikaci ve formátu '{název modifikace} ({změna hmoty})
',
resp. '{název modifikace} ({změna hmoty}/ {kontrolní rozdíl})
', je-li kontrolní rozdíl dané modifikace zadefinován
U můstků je situace podobná jako u modifikací s pouze několika rozdíly. Můstky jsou načítány ze souboru bonds.prs
(editace z programu přes
menu Databases → Bonds
, resp. Ctrl+B
). Oproti modifikacím se k můstku navíc definuje změna váhy v případě, že jeden nebo
druhý konec můstku zůstane volný. Pokud jsou ponechány příslušná pole prázdná, znamená to, že můstek nemůže zůstat příslušným koncem neukotvený.
V případě symetrického můstku stačí zadefinovat pouze jedna strana - symetricita se pak značí tím, že pole 'Specificity 2
' začíná znakem
'-
'.
within one molecule
, pak jde o:
Min(te1,te2)<max(tb1,tb2)
,
kde tbi
znamená začátek peptidu č. i a tei
znamená konec
peptidu č. i.Pole Cross-link
v přehledu vložených můstků zobrazuje můstek ve formátu '{název můstku} ({změny hmoty})
', resp.
'{název můstku} ({změny hmoty}; {změny hmoty, je-li můstek neukotven druhým koncem}; {změny hmoty, je-li můstek neukotven prvním koncem})
',
přičemž '{změny hmoty}
' jsou ve tvaru '{změna hmoty}
', nebo '{změna hmoty}/ {kontrolní rozdíl}
' (je-li kontrolní
rozdíl definován), příp. '---
' (nemůže-li být můstek příslušným koncem neukotven).
Typ místa není nutné v listu vybírat, stačí zapsat písmenný kód, nebo začátek jména. Lze také zadat více aminokyselin najednou, v tom případě je nutné použít jednopísmenné kódy a jednotlivé kódy je vhodné kvůli jednoznačnosti oddělit čárkami nebo bílými znaky. Obdobně lze v případě pozic zadat naráz více lokálních pozic.
(Když je protein oříznut pomocí from-to, mají být modifikace/ mutace oříznutých částí ve výpisu odstraněny, aby bylo vidět, které zůstaly, nebo je tam naopak nechat, aby je nebylo nutné znovu vkládat, když se oříznutí zruší? Nebo je nějak odlišit, např kurzívou?)