Výsledky

Výsledky jsou automaticky ukládány do souboru v podsložce Temp složky programu se stejným názvem jako má soubor měření a příponou '.sen' (resp. souboru output.sen v případě generování všech možností nebo zkoumaná hmota v případě hledání alternativ). Pokud takový soubor již existuje, je přepsán bez ohlášení. Doporučuje se tedy požadované výsledky následně ukládat jinam a zároveň nenechávat ve složce žádné důležité soubory s příponou '.sen'. Toto automatické ukládání je vhodné brát pouze jako zálohu pro případ, že by byl program nedopatřením ukončen. Zároveň je v případě potřeby nutné tuto složku promazávat manuálně.

V horní části se zobrazuje panel s nastavením výpočtu a případně nastavenými filtry. Pro každý soubor měření a jeho formát se zobrazuje jeden panel s výsledky. V případě hledání alternativ má vlastní panel každá hmota, pokud jich není více než nastavený limit.

Řádky lze mazat nebo filtrovat. Filtrování je pouze dočasné a zvolené filtry se aplikují na všechny panely. Oproti tomu smazání je trvalé a příslušné hmoty nejsou uvažovány ani při hledání alternativ jako kontrolní rozdíl (vhodné např. když má formát měření takovou strukturu, že nějaký řádek hlavičky vyhovuje struktuře řádku s měřením).

Hledání alternativ

Pro vybrané řádky lze pomocí kontextového menu spustit hledání alternativ. Při hledání alternativ je použito nastavení aktuálního experimentu s tím rozdílem, že před specifické štěpení je přidána vrstva nespecifického štěpení, která není zohledňována při kontrole počtu miss-cleavages. Navíc, pokud byly aktuální výsledky získány pomocí generování všech možností, je nutné ještě zadat interval přesnosti, s jakou tolerancí jsou hmoty ještě považovány za totožné.

V případě hledání alternativ obsahuje pole 'Other' originální záznamy, pro které jsou hledány alternativy (jinak obsahuje informace, které jsou v souboru měření u příslušné hmoty a které nejsou využity v jiných polích). Pokud byly aktuální výsledky vygenerovány pomocí generování všech možností, je jejich hmota ve výsledcích hledání alternativ označována jako hmota experimentální. Je-li hledána alternativa pro záznamy sloučené podle hmoty, lze pak hity rozdělit. Jsou-li sloučené podle modifikace/ můstku, rozdělit je nelze. Je-li hledána alternativa pro sloučeninu, nejsou jako alternativa pro žádnou z nich zobrazeny zbylá přiřazení; pokud jsou nálezy rozděleny, je každý protějšek zobrazen jako alternativa.

Grouping

Je-li slučování zadáno pomocí kontextového menu, aplikuje se pouze na vybrané řádky. Je-li zadáno pomocí tlačítka v dolní části okna, aplikuje se na všechny řádky každého panelu. Při slučování se zachovává pořadí řádků.

Slučování modifikací/ můstků

Sloučeny jsou výsledky, které se liší pouze v poli modifikace (resp. můstky). Jednotlivé sloučené modfikace (resp. můstky) jsou odděleny pomocí znaku '|'. Vznikl-li řádek pomocí sloučení modifikací/ můstků a následně sloučením podle hmoty, nelze ho rozdělit podle modifikací/ můstků, nebude-li nejdříve rozdělen podle hmoty.

Slučování podle hmoty

Při slučování podle hmoty jsou jsou sloučeny řádky, které mají (s ohledem na nastavenou přesnost zobrazení) stejnou experimentální hmotnost v případě filtrování výsledků podle souboru měření, resp. stejnou teoretickou hmotnost v případě generování všech možností. Obsahy jednotlivých buněk jsou nejprve vloženy do složených závorek '{}' a teprve poté odděleny separátorem '|'. Pokud je obsah příslušného sloupce ve všech sloučených řádcích stejný, je zobrazen pouze jednou. Vznikl-li řádek pomocí sloučení modifikací/ můstků a následně sloučením podle hmoty, nelze ho rozdělit podle modifikací/ můstků, nebude-li nejdříve rozdělen podle hmoty.

Filtrování

Kořenový uzel je OR uzel. (Nebo chcete raději AND uzel? Chcete to tam explicitně připsat do závorky?) Kromě filtru 'Not assigned' se pro ostatní filtry zobrazí defaultně pouze přiřazené záznamy. Některé filtry nemají vždy smysl (např. '(Not) Assigned' v případě generování všech možností), ale z praktických důvodů (zachovávání nastavení filtrů pro použití v pozdějších experimentech) nejsou přímo zakázány.

Examples

Většina filtrů je implementována pomocí filtru CONTAINS:

FilterSloupecVýrazVýsvětlení
Modified Modifications [^| ] Obsahuje něco jiného než prázdné pole a oddělovač polí.
Modified by {mod} Modifications (^|\| |, |; ){mod} \( Ukotvení zleva na oddělovači; název modifikace; ukotvení zprava na pozici. Ukotvení nutné pokud název jedné modifikace může být podřetězcem druhé (bat vs. wombat).
Not modified Modifications (^|\| )( ?\||$) Začátek pole - konec pole. (^$ nestačí pro případ, že by modifikace měla nulovou hmotnost a tedy bylo možné ji sloučit s nemodifikovaným hitem.)
Not modified by {mod} Mod (^|\| )(?!([^(]*\([^)]*\)[,;] )*{mod} \() Ukotvení pole zleva - pokud pole obsahuje hledanou modifikaci (posloupnost jakýchkoliv jiných modifkací = {víme, že název pole neobsahuje závorku (}({zadání pozice modifikace neobsahuje závorku )}){oddělovač modifikací} nasledovaná hledanou modifikací s ukotvením konce názvu), tak hledat dál.
Interpeptide Chain - Pole obsahuje pomlčku právě tehdy, když se skládá z více peptidů.
Interpeptide {x-link} X-links (^|\\| |, |; ){x-link} \\(([A-Z]+\\.)[^;]+; (?!\\2) Ukotvení zleva na oddělovači; název můstku; (; index peptidu; pozice; oddělovač; odlišný index peptidu.
Intrapeptide Chain ^[^-]*$ Ukotvení pole zleva; pole neobsahuje oddělovač peptidů; ukotvení pole zprava.
Intrapeptide {x-link} X-links (^|\\| |, |; ){x-link} \\(([A-Z]+\\.|)[^;.]+; \\2 Ukotvení začátku můstku; {x-link}; (; index proteinu, je-li; pozice; oddělovač; stejný index proteinu.

Základní pravidla