Štěpení

Proteázy

Proteázy jsou zadefinované v souboru proteases.prs (editace z programu přes menu Databases → Proteases, resp. Ctrl+P).

Jména nesmí obsahovat řídící znaky (včetně mezery).

Pro definici proteáz je použita podmnožina regulárních výrazů (Documentation, Lessons). Místo štěpení je reprezentováno znakem ';', který se musí ve výrazu vyskytnout právě jednou. Výrazy charakterizující levý a pravý okraj štěpení lze rozdělit do několika tříd. (Obecnější třída znamená rychlejší hledání míst štěpení, zatímco složitější třída znamená méně testovaných peptidů, ale mohou se vyskytnout duplicity.) Implementované třídy: V případě, že některé straně vyhovuje libovolný znak, je možné příslušnou stranu zcela vynechat (např. ; pro nespecifické štěpení).

Proteáza může vzniklý konec modifikovat, příp. tento konec uzamknout, pak na tento konec nemůže být navěšena modifikace. (TODO: Tohle asi mělo být, že nemůže být zmodifikována sousední aminokyselina? Prázdné pole není totéž jako nulová modifikace.)

Nastavení

Je-li zatrženo neštěpit na modifikacích, pak neproběhne štěpení na pozici, pokud:

Počet missed-cleavages je omezení na vzniklé peptidy - maximální počet, kolik možných štěpení nesmělo nastat, aby tento peptid mohl vzniknout. Při počítání m-c není zohledňována volba neštěpit na modifikacích. Limit na počet m-c dle původně zadefinovaného štěpení se uplatňuje i při hledání alternativ, nejde tedy o zcela nespecifické štěpení.

Proteázy lze strukturovat do jednotlivých úrovní, kdy štěpení proteázami i-té úrovně začíná po skončení štěpení v předchozí úrovni. To může mít vliv na počet m-c. Také lze mezi úrovněmi navěsit na peptidy modifikace.