Měření

Kromě dříve zmíněného omezení na počet m-c lze omezit také délku a hmotnost vzniklých peptidů (v případě dipeptidu se délkou omezuje délka jednotlivých peptidů, ale hmotností se omezuje hmotnost celku). Dále se zde volí, zda je požadováno vygenerovat všechny peptidy, které mohou teoreticky vzniknout, nebo zda mají být možné peptidy profiltrovány souborem měření a pokusit se tak identifikovat jednotlivé hmoty z tohoto souboru - v takovém případě se dále volí absolutní, nebo relativní tolerance, s jakou chybou lze ještě považovat hmotu za identifikovanou. (Neměla by se u výsledků zobrazovat chyba absolutní nebo relativní podle toho, co zde zvolili?)

Filtrování

Vlastní formáty jsou načítány ze souboru measurements.prs (editace z programu přes menu Databases → Measurements, resp. Ctrl+F). Zadefinovat lze formáty obsahující data ve sloupcích, které lze rozdělit při použití regulárních výrazů (Documentation, Lessons). Jde tak o zobecnění souborů typu delimiter-separated value s tím rozdílem, že kromě jednoho konkrétního znaku lze pro rozdělení sloupců použít regulární výraz. Pokud potřebujete načítat komplexnější formáty, které takto zadefinovat nelze, kontaktujte prosím tvůrce programu (TODO: Link na stránku s kontakty.) s definicí formátu (nejběžnější verze Mascot Generic File již rozpoznávány jsou).

V případě definování vlastního formátu je potřeba definovat:

Hmotu i intenzitu musí být ze souboru měření možné načíst pomocí Double.valueOf, t.j. používat desetinnou tečku a nepoužívat separátor tisíců. Retenční čas může být libovolný řetězec, je tedy možné použít různě definované intervaly, sjednocení atd. Pokud obsahuje soubor měření i hlavičku, doporučuje se používat co nejpřesnější definici formátu, aby se minimalizoval počet řádků hlavičky, které lze chybně interpretovat jako hmoty měření (t.j. zejména nevynechávat definici sloupců intenzity a retenčního času, pokud je příslušné soubory obsahují v zadefinovatelné formě).

Je možné zvolit více souborů měření současně a každý může být jiného formátu.

MGF

Pobavit se nad specifikací